1) allgemein alle Ökosysteme mit Wasser. Allerdings werden dabei die marinen Ökosysteme und die Hydroökosysteme der Binnengewässer getrennt betrachtet. 2) Aquatische Ökosysteme i.e.S. sind die Flüsse und Seen des Festlandes. Durch ihre räumliche Trennung müssen sie als jeweils eigenständige Ökosysteme mit spezifischem Stoffhaushalt und spezifischer biotischer Ausstattung betrachtet werden.